طباطبایی برای قرآن کریم معنای تنزیلی و تأویلی قائل است و در تفسیر المیزان میکوشد با استمداد از سیاق و آیات دیگر، معنای تنزیلی را بیان کند. همچنین او ذکر مصادیق را تفسیر نمیداند و غالباً از ذکر مصادیق امتناع ورزیده است. صاحب تفسیر المیزان معتقد است با ارجاع متشابهات به محکمات معانی مراد متشابهات کشف میشود و مقصود از تفسیر قرآن به قرآن نیز همین امر است. او میگوید: گرچه قرآن مشتمل بر مجملات است، ولی این امر باعث نمیشود که ما قرآن را کتابی نامفهوم و گنگ بدانیم. قرآن کتابی روشن و گویاست و روشن کننده هر چیز دیگری نیز هست. طباطبایی گرچه در گفتار، بسندگی قرآن به قرآن در تفسیر را مطرح میکند، اما در عمل معتقد به نیازمندی تفسیر به سنت است و در مواردی پر شمار به این نیازمندی اعتراف کرده است.